万方查重软件支持的文件格式包括doc、docx、pdf、txt等常见的文档格式，同时也支持rar、zip等压缩文件格式。用户可以通过上传这些格式的文件进行查重比对，确保查重的全面性和准确性。

除了常见的文档格式外，万方查重软件还支持html、xml等网页相关的格式，以及ppt、xls等办公软件格式。用户在使用该软件时，可以根据自己的需求选择合适的文件格式进行查重比对，提高工作效率。